故事开始于潘子为了救吴邪，陷入了石壁，最终被密洛陀给杀死，吴邪在失去潘子的痛苦中，逃了出来，刚出山就昏迷了，醒来后发现小哥闷油瓶正在收拾行囊，小哥说要去完成一件事。
另外一边裘德考也已在张家古楼找到了自己想要的东西。闷油瓶离开后的第三天，云彩的尸体被村民找到，吴邪知道那是鬼影所为，胖子一路来已经喜欢上了云彩，悲伤地留在了巴乃，吴邪只好只身回到了杭州。
吴邪假扮吴三省来到了吴三省家中，他在吴三省的电脑上收到了邮件，但是发现电脑被人动了手脚，感觉自己已经被人监视着。吴邪找来了人检查电脑，发现电脑并没有连入互联网，而是通过一条专线，与另外一台电脑连接，而这条专线，将它引向吴三省家的地下，吴邪来到地下，穿过一条通道，尽头是一间房间，里面有书架、床、电脑以及录像机，房间的另一头，可通过一条暗巷回到地面，吴邪决定在房间守株待兔。
不料早已被房间的主人识破，此人封住了房间的两个出口，通过邮件，让吴邪坦白了自己的身份，逼迫吴邪坦白了自己的身份后才将其放出，不过吴邪并没有看见此人的真身，吴邪进一步调查时，有人用手电筒，在附近居民楼里发出信号，并在那里给吴邪留下了一封信，吴邪打开信一看，原来在19年前，吴邪的爷爷吴老狗就或买或租盘下了吴三省家附近所有的房子，形成了一片无人居住的鬼域，目的就是掩埋这片区域的地下秘密。
当年巴乃考古队在组织的命令下，将一具尸体送入了张家古楼的地宫，在地宫中尸体会发生一种匪夷所思的变化，这种变化对组织十分重要，但考古队中有人反对这么做，并由解连环的父亲解九爷，带领这股势力掉包了考古队，运走了尸体，逃亡中求救于吴老狗，两人联手制定了对抗组织保护后人的计划，他们将尸体隐藏在了这片区域的地下，这具尸体也就成为了吴老狗等人计划中的杀手锏，因为这具尸体是一个巨大的秘密，组织一直害怕这具尸体以及背后所有的荒唐计划被暴露出来，一旦公之于众将毁灭组织的一切存在。
这么多年计划中的人一直保守着秘密，以免后人陷入太深，但选择在此时，将其透露给吴邪，是因为明天组织的最后一个领导也将死亡，组织也就彻底消失了，在那之后，这具尸体也不再有任何的意义，那具棺材和所有相关的东西，也都将被解连环毁掉，所以讲到这里大家也应该能明白了，就是吴三省家地下那具尸体其实就是领袖，送去张家古楼的那个后来被解九爷掉包了。一年后，吴邪竟然在杭州再次遇到闷油瓶，小哥说他已经完成了所有的事情，需要回到自己应该去的地方长白山，此行就是和吴邪道别的，闷油瓶匆匆告别，并没有留下更多的信息。
不甘的吴邪立刻动身前往长白山，在长白山脚下的车站，赶上了背着行囊的闷油瓶，虽然一路询问，但小哥并不愿多做解释，吴邪陪着小哥进入了长白山，来到某处后，小哥便不许吴邪再往前，吴邪只好返回，却因为遭遇到雪盲而遇险，竟然又被闷油瓶所救，暴风雪就要来临了，小哥只好允许吴邪继续陪着他前进，他此行的目的地竟然是青铜门，青铜门最后的离别到来，闷油瓶告诉吴邪，张家古楼自古以来就是保护着一个秘密，仅有族长可以知道，秘密有一个关键的时间节点，这个节点现在已经到来了，而他要守护的秘密核心，就在青铜门的后面。
守护这个秘密需要时间，张起灵曾与老九门达成约定，由九大家轮替进入青铜门，每人十年，但老九门无人履约，如果一切如约，恰好应该由吴邪进入，最终小哥代替了吴邪进入了青铜门，小哥用10年时间换吴邪一生天真，说完了最后的秘密，小哥便击晕了吴邪。吴邪醒来后，已经不见小哥的身影了，回到杭州后，吴邪对自己了解的信息进行了梳理，张家的衰亡以及组织的活动脉络，也变得清晰起来，张家掌握这许多人，梦寐以求的秘密，这个古老家族的血液中，还隐藏着麒麟血的能力，因此限制只能族内通婚，并将每代血液的能力最强者选为起灵，成为族长的继承人，从上代族长那里继承家族守护的秘密。
因为近亲结婚的原因导致失忆症这种遗传病也在张家代代相传。民国中期开始，几次意识形态的革命，使得张家从内部开始瓦解，反倒是原来的旁支张大佛爷一族开始壮大，并且成为老九门之首，张大佛爷被某位领袖委托，探索主家的秘密，这成为老九门与组织联系的开始，张大佛爷首先开启了张起灵计划以寻找现任族长，并在上世纪60年代，成功找到了张起灵闷油瓶，此后便是史上最大规模的盗墓，老九门损失惨重，张起灵也失去了记忆。
吴邪的爷爷吴老狗萌生退意选择逃避，但解九爷决定主动出击，在上个世纪70年代的张家古楼考古活动，组织依托史上最大规模的盗墓，找到了大量资料，已经完成了对张家古楼的考古研究，所以张家古楼的那一次活动，是打着考古的幌子，为组织的领袖送葬，这一支队伍被盘马破坏，当时只有地下勘探的几个人幸免于难，包括陈文锦和霍玲，但是等他们回到地面时，解九爷的队伍已经接管了一切，这支假冒的考古队带走了那位领袖的棺椁，发现了异样的组织，展开天南地北的追捕，最后解吴两家联手，将尸体藏在了杭州地下的南宋皇陵之中，也就是吴三省家的地下，以此为把柄，与组织长期抗衡。
西沙考古时，真的陈文锦和霍玲出现，并开始行动，他们使用假的命令将自己的替身调往长白山云顶天宫，自己混入西沙考古队，并为了增加帮手，叫来了吴三省，在这场考古中，解连环与吴三省开始联手，他们通过迷晕考古队，将这些队员送回给组织，目的是趁机混进格尔木疗养院，里外应合，切断疗养院与组织的联系。在组织的认知中，张起灵就在疗养院，切断疗养院与组织的联系也就切断了张起灵与组织的联系，从那之后，组织就失去了继续展开活动的核心。
后来云顶天宫的考古队失败，但假的霍玲与陈文锦逃出，而真的陈文锦与霍玲在疗养院苏醒后，开始了对汪藏海与西王母宫的调查，解连环与吴三省从那时起，就一直活在同一张面具之下。张起灵从疗养院逃出后，曾前往张家古楼，但他很快就再次失忆，并被越南人抓住成为诱饵，直到被陈皮阿四所救，解连环与吴三省多年之后，再次看到张起灵不知虚实，于是拿出了黑金古刀，进行试探。同一天吴邪带着金万堂送来的帛书找来，也就开启了盗墓笔记的故事
盗墓笔记是南派三叔旗下一部很经典的盗墓小说，探险情节紧张的让人无法放下，故事情节引人入胜，阅读的过程也是让人深深着迷，无法自拔。
书中的谜团一环接着一环，扣人心弦，故事跌宕起伏耐人寻味欲罢不能，总想看到最后。各种诡异的生物，也叫人看得惊心动魄。
除此之外，这本书还带领我们见识到了欲望的可怕和人性的丑陋。本书，远远不止盗墓那么简单。
在故事里还有很多的配角，比如吴三省、解语花、黑眼镜、潘子……他们有他们的世界，有他们的故事，他们的灵魂也有各自不一样的色彩。
其实，故事的最后，谜题并没有完全解开，对于“终极”我们仍是一头雾水。三叔一开始就埋下了极深的伏笔，让人一向认为是两股力量的博弈。但越是深挖，就越来越发现这是三、四股力量的对决。神秘的青铜门埋藏了太多的秘密，让人情不自禁地将其具象化，仿佛一伸手就能推开这道门，解开这重重谜团。当然，门后面也可能什么都没有——也许，这才是所谓的“终极”。
小说一条主线：终极的秘密，长白山地底大铜门——中华文明的源头，伏羲古氏族文明，作为噱头展开一系列盗墓活动，至于终极到底是什么，也许是长生的秘密，也许是洞察阴间的秘密，选择与守护的故事。
为了铺垫主线，文中又围绕三条辅线展开：第一条：史前青铜文明——蚩尤——广西——闷油瓶——失忆的一条迷之线！第二条：古代长生不老的秘密的发展，第三条：现代各种力量关于长生不老秘密的博弈！
南派三叔用了那五年，创造了另一个世界。虽然这个世界中的人物，故事都在现实生活中不存在，但是三叔把他们写活了，所有用心去看的读者都有那种感觉，似乎书中的一切事件，都是真实的。
三叔说：人长大，就是一种失去幸福的过程。吴邪说：有些面具戴了太久，就摘不下来了。《盗墓笔记》不仅仅仅记录了吴邪的探险解密之旅，更映射出了人心的险恶。
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